Im September 1944 wurde das Oder-Donau-Institut aufgrund der Gefährdung Stettins durch alliierte Luftangriffe in das ehemalige KdF-Seebad Prora auf Rügen verlagert. Auch die erforschten Themengebiete veränderten sich. Nachdem sich 1944 die deutschen Truppen aus Belorussland, der Ukraine, Bulgarien und Rumänien zurückziehen mussten, verloren diese Länder für die deutsche Kriegswirtschaft an Bedeutung. Damit waren wichtige Arbeitsaufgaben des Oder-Donau-Instituts gegenstandslos geworden. Nun konzentrierten sich die Forschungen vor allem auf Nordeuropa. In diesem Sinne traf das Institut eine Übereinkunft mit der Reichsstiftung für Länderkunde, einer Dienststelle des Sicherheitsdienstes des Reichsführerers-SS, zur Bearbeitung von wirtschaftswissenschaftlichen Analysen, insbesondere zu Skandinavien. Die Reichsstiftung übernahm im Gegenzug die anteilige Finanzierung des Instituts, in dessen Vorstand nun auch jeweils ein Vertreter der Reichsstiftung für Länderkunde und der Publikationsstelle Berlin-Dahlem entsandt wurden. Kurz darauf schloss das Oder-Donau-Institut eine ähnliche Kooperationsvereinbarung mit den „Reichswerken Hermann Göring“ ab, die sich ebenfalls an der Finanzierung des Instituts beteiligten und einen Vertreter in den Vorstand entsandten.
Das Institut konzentrierte sich ab Ende 1944 auf die im Hauptreferat III (Ostseeraum) angesiedelten Aufgaben. Im Mittelpunkt der Aufmerksamkeit standen jetzt wirtschaftswissenschaftliche Analysen über die schwedische Stahl- und Eisenindustrie und deren Verkehrsinfrastruktur sowie Berichte über die schwedische Rüstungsindustrie. Im Hinblick auf Dänemark wurden insbesondere landwirtschaftlich-ernährungswissenschaftliche Analysen erarbeitet, während sich die Arbeiten über Norwegen und Finnland vor allem auf verkehrswirtschaftliche und –technische Gebiete erstreckten. Alle diese Arbeiten hatten einen klaren Bezug zur deutschen Kriegswirtschaft, insbesondere zur Erschließung von Nachschublinien für Rohstoffe.
