Die Bestrebungen zur Gründung eines wirtschaftswissenschaftlichen Instituts an der Universität Greifswald wurden nachhaltig durch die Gauwirtschaftskammer Pommern unterstützt. Ihr Interesse war durch die Wiederaufnahme der Pläne für den Bau eines Oder-Donau-Kanals geweckt worden. Dieser sollte Pommern mit dem südosteuropäischen Wirtschaftsraum verbinden. Nach der Ablehnung des Gründungsantrags durch das Reichsministerium für Erziehung, Wissenschaft und Volksbildung beschlossen Gauleitung, Universität und Gauwirtschaftskammer 1942 die Einrichtung des ursprünglich für Greifswald geplanten Oder-Donau-Instituts in Form eines eingetragenen Vereins in Stettin. Mit Unterstützung des Reichswirtschaftsministeriums wurde es unter dem Namen „Wirtschaftswissenschaftliches Institut Oder-Donau zu Stettin“ im April 1943 gegründet. Die Kosten wurden zu zwei Dritteln von der Gauwirtschaftskammer und dem Provinzialverband getragen. Das Institut sollte dabei eine enge Anbindung an die Greifswalder Universität unterhalten und nach Kriegsende der Universität angegliedert werden. Die Leitung übernahm der Greifswalder Professor Peter-Heinz Seraphim, der Rektor saß qua Amt im Vorstand. Die Aufgabe des Instituts war es, „nach den Grundsätzen der Wirtschaftswissenschaft diejenigen Räume zu erforschen, die für die pommersche Wirtschaft, deren Einzugsgebiete und deren auswärtige Beziehungen von Bedeutung sind“.
Das Oder-Donau-Institut gliederte sich in drei Hauptreferate: das Hauptreferat I Südosten mit den Länderreferaten Slowakei-Ungarn, Kroatien-Serbien-Griechenland, Bulgarien-Türkei und Rumänien; das Hauptreferat II Osten mit den Länderreferaten Ostdeutschland, ehemaliger baltischer-polnischer-russischer Raum, Protektorat Böhmen und Mähren, Weißrussland, Hauptreferat III Ostseeraum mit den Länderreferaten Dänemark-Norwegen, Schweden und Finnland.
Inhaltlich widmete sich das Institut fünf Arbeitsfeldern. Die Frage der Steigerung von Anbauflächen und Bodenerträgen insbesondere mit Blick auf Rumänien und die Ukraine im Sinne der Kriegsernährungswirtschaft spielte dabei ebenso eine Rolle wie industriewirtschaftliche Analysen und Ressourcenforschung, etwa zur Erschließung von Erdölvorkommen in Rumänien und Bulgarien. Auf finanzwirtschaftlichem Gebiet wurden Markt- und Absatzfragen in Südosteuropa und Nordeuropa analysiert. Besondere Aufmerksamkeit widmete das Institut der Untersuchung verkehrswirtschaftlicher und verkehrstechnischer Probleme. Ein besonderes Arbeitsgebiet war die Bevölkerungsforschung, die der Erschließung von Arbeitskräftereserven für die deutsche Kriegswirtschaft in den okkupierten Gebieten dienen sollte.
